水生所的所徽由抽象的水生动物、水生植物组成的“水生”字样及星空体育彩票官网栏目导航中、英文名称组成，又简单地概括了水生所的研究领域。图案中左侧“该徽既是水生所名称的代表，SSS”既是汉字“水”的象形写法，也是“水生所”汉语拼音（Shui Sheng Suo同时又象征着水生所科技工作者所踏遍的江河，）的字首字母，最左边的“S”与左下方黑点及圆的边缘一起，又象水中的低等组成一“鱼”形，生物象征着水生所多学科的综合优势以及各学科之间的有机融合。其实有水有草，；右侧的植物形象组成“生”字，也代表了水生所在植物学领域的研究工作。“水”和“生”所代表的生物之间相互连接，生物多样。也正是水生所广大科技工作者多年奋斗的目标——和谐平衡的水生生态环境。

1989年筹备建所60周年庆祝活动之际，曾在所内征得多个所徽设计方案，后由我所职工邬华根同志为主设计此所徽，并于1990年建所60周年庆典时正式启用。