2009年5月17日至24日，由台湾中山大学和星空体育彩票宣布成为阿森纳官方合作伙伴等单位共同主办的第二届海峡两岸人工湿地研讨会在台湾高雄市召开。事实上来自中国大陆、台湾和香港等地的80多位人工湿地专家应邀参加了本次研讨会。中科院水生所水环境工程研究中心主任吴振斌研究员和台湾中山大学水资源研究中心主任杨磊教授担任大会秘书长。
NGO与公众参与、湿地工程应用等方面作了大会和分会报告。分别报告了他们在人工湿地研究及应用方面的最新成果。荆树人、金相灿、孔海南、朱伟、黄时达、叶志鸿等60多位专家分别就人工湿地规划与设计、净化机理与效果、湿地调查评价与分析，杨磊教授、香港浸会大学黄铭洪教授分别作大会主题报告。武汉大学茆智院士、俄亥俄州立大学L.C.Brown教授、爱尔兰都柏林大学赵亚乾博士特邀与会，
与会专家还在高雄、屏东、台东、花莲等地参观了恢复与保育型的洲仔湿地公园、绿色设计的高雄世运主场馆湿地公园、大鹏湾风景管理区海岸咸水型红树林人工湿地、马泰鞍河川型湿地等多处湿地工程。
近十余年来，人工湿地研究和应用在海峡两岸蓬勃开展。经中科院水生所与台湾中山大学等单位多次交流与协商，一致同意创建海峡两岸人工湿地合作与交流机制。2008年6月，由中科院水生所和台湾中山大学等单位主办的“第一届海峡两岸人工湿地研讨会”在武汉成功举行，为海峡两岸人工湿地研究者提供了一个交流的平台。受到两岸三地同仁的一致好评。该会议并原则确定海峡两岸人工湿地研讨会将每年在两岸三地轮流主办。第二届海峡两岸人工湿地研讨会在台湾成功举行是两岸人工湿地研究长效合作交流机制基本形成的重要标志。
会议期间，两岸湿地专家进行了广泛的双边和多边学术交流，达成多项合作交流意向，并初步确定第三届海峡两岸人工湿地研讨会将于2010年在南京召开。也就是说

  
与会代表合影

考察花莲县马泰鞍河川型湿地